La chiesa di S. Francesco, attigua all’Oratorio del Gonfalone, di stile neoclassico fu costruita tra il 1796 ed il 1856 dall’architetto Andrea Vici e conserva all’interno tracce della costruzione medievale che ospitò la prima comunità francescana presente in Foligno. Nella chiesa è custodito il corpo della Beata Angela (1249-1309), la grande mistica francescana, definita magistra theologorum. Le sue memorie trascritte nel liber sororis Lellae de fulgineo, inizio sec. XIV (Assisi Biblioteca Comunale presso il Sacro Convento, codice pergamenaceo 342) da Frate A., che oltre ad essere suo parente, era confessore e consigliere spirituale di Angela.   
 
Come tale, la constrinse verso il 1292 a svelargli perchè, qualche tempo prima, a Assisi, sulla soglia della basilica superiore di S. Francesco, si era messa ad urlare: “Amore non conosciuto perchè mi lasci?”. Fu lui a farsi spiegare da lei quali passi aveva fatto prima di quella mirabile e sconvolgente esperienza, registrando di volta in volta le succesive confidenze, costruendo quel memoriale, scritto nella chiesa di San Francesco seduto vicino ad Angela, che ha reso celebre la mistica nel mondo.